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MSの原因は解明されていませんが、ウイルスや細菌などの外敵から体を守るはずの免疫(めんえき)が、誤って自分自身を攻撃してしまう自己免疫疾患(じこめんえきしっかん)のひとつだと考えられています。
免疫で重要な役割を担っているものにリンパ球があります。MSは、このリンパ球が、何らかのきっかけで自分のミエリンを外敵と見なして、攻撃することで起こると考えられています。そのきっかけが何かは、はっきりしていません。
MSは遺伝病ではありません。家族間を対象とした調査によると、MSになりやすい遺伝的要素の関与がうかがえたものの、家族内発症率は高くはありませんでした。
MSは、病気になりやすい体質と、そのほかの要因が複雑に関与することで起こると考えられています。発症・再発の要因として挙げられているものには、過労、感染症、ストレスなどがあります。